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  • 韓曉平\黃河\郭國驥團隊合作發表最大規模急性髓系白血病單細胞圖譜

    來源 :基礎醫學系    發布時間 :2020-09-28    瀏覽次數 :512

    白血病,是起源于造血干細胞的惡性克隆性疾病,其發病率和死亡率均較高,位列我國惡性腫瘤死亡率第6位。急性髓系白血。AML)是成年人最常見的急性白血病,不同患者預后差異很大,基因表達模式復雜,異質性大。單細胞測序分析,未研究疾病細胞異質性提供了新策略。

    浙江大學基礎醫學院的韓曉平\郭國驥合作團隊,長期致力于單細胞測序與造血系統領域的相關研究,自主研發了Microwell-seq高通量單細胞分析平臺,于2018年、2020年,分別在CELLNATURE發表了首個小鼠細胞圖譜和首個人類細胞圖譜。在此基礎之上,與浙江大學附屬第一醫院黃河團隊開展緊密合作,對40例初發AML患者的骨髓細胞樣本進行Microwell-seq高通量單細胞測序分析,分析了191727個單細胞轉錄組數據,系統性地繪制了AML圖譜,為目前最大規模的AML單細胞圖譜。相關研究論文,A single-cell survey of cellular hierarchy in acute myeloid leukemia,于2020925日在線發表于血液學權威期刊J HEMATOL ONCOL。

    該研究利用高通量低成本的單細胞測序平臺Microwell-seq,對初發AML患者進行綜合分群分析。利用團隊之前開發的scHCL單細胞比對工具(http://bis.zju.edu.cn/HCL/),研究者精確鑒定了AML致病細胞群,挖掘了致病群中尚未報道的AML特異性基因,以及特殊轉錄因子。此外,作者針對不同亞群,進行了預后相關分析。通過對基因表達模式及患者治療追蹤的分析,研究者發現,高表達核糖體基因的患者,緩解率較低。

    基于課題組前期的人類細胞圖譜(HCL)(Han et al,Nature),作者首次創新性地將AML細胞與60種人體組織的70余萬個細胞進行了全面系統的比較,通過差異基因分析,探索AML中特異性高表達的基因,并且避開可能產生副作用的基因。這些基因有望成為新的有效靶點,具有巨大臨床價值。

    研究者引入SMRT三代測序與二代測序結合,對突變進行單細胞水平的定位,并利用線粒體基因MT-ND4的突變,進行克隆追蹤。數據揭示了不同克隆的腫瘤細胞在不同調控網絡作用下,由吸引子吸引而落入相同表型的有趣現象。

    該論文的第一作者為17級博士生吳雋青、19級博士生肖彥宇、18級博士生孫慧宇、博士后陳海德和浙大一院孫潔主任。該項目獲得了國家重點研發計劃、國家自然科學基金和浙江省自然科學基金的支持。

    原文鏈接:https://jhoonline.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13045-020-00941-y

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